По совету коллеги прикрутил к своему хостингу APC — кэш байткода PHP. При выполнении PHP скрипта происходит трансляция программы на языке PHP в специальный байткод (этакий виртуальный ассемблер), который уже непосредственно исполняется. APC позволяет сохранять результат трансляции в памяти, таким образом уменьшая время выполнения скрипта.
Ставится очень просто:
apt-get install php5-apc /etc/init.d/php5-fpm restart
Замеры показали, что время отдачи главной страницы уменьшилось почти в 2 раза.